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病毒分型整合研究,為邁基諾打call
        邁基諾ViralCap-病毒(HPV、EBV、HBV)基因組捕獲測序技術平臺可以實現對HPV、EBV、HBV三種病毒基因組全長的捕獲測序,可同時完成病毒分型、突變和整合分析。

ViralCap 病毒基因組捕獲系列產品
 
 

產品特點

· 病毒分型、突變以及整合分析同時完成
· 和全基因組測序相比,有效降低測序成本
· 適合大樣本量驗證
 

生物信息分析

SNP; InDel; HBV、HPV、EBV Genomic Alignment, subtype, Integration;assembly; reads statistics; Evolution Analysis; New Gene Prediction;
 

測序策略

PE150;平均測序深度(樣本的病毒濃度足夠):HPV、HBV:500X;EBV>200X
 

項目周期

30個工作日——捕獲測序(自樣本質控合格之日起,不包括數據分析),附加5~15個工作日進行數據分析。



數據結果展示

HBV分型分析

 



 

HPV整合位點分析
 
 


HPV整合位點分析
 





 
        病毒是目前發現的最小病原體,由于能夠誘發細胞癌變,所以又被稱為病毒致癌因子,是重要的致癌因素之一。病毒誘發人體細胞癌變,一方面是由于病毒癌基因的高度表達,另一方面是由于病毒基因組在宿主細胞染色體DNA上的插入和整合,從而激活了細胞癌基因的表達。近年來,更多的證據顯示病毒整合的位點在染色體分布中有一定的傾向性,形成整合熱點區域。脆性位點即為其中的熱點區域之一。
 
        同一種病毒的不同亞型的感染、病毒基因組的突變,以及病毒基因組在人類基因組上整合位置的不同都會對患者的病理診斷、治療選擇以及預后生存產生影響。因此,對于致癌病毒的基因組研究應該從病毒亞型識別、病毒基因組突變以及與宿主基因組整合位點檢測三個方面入手。
 
        EB病毒(Epstein-Barr Virus, EBV)、人乳頭瘤病毒(Human papillomavirus virus, HPV)和人乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus, HBV)與某些特定的腫瘤相關,病毒的潛伏期很長,甚至達數十年。



EBV

        EBV屬皰疹病毒科,是雙鏈DNA病毒。病毒顆粒為球形、直徑180nm,基本結構含核樣物、衣殼和囊膜三部分。EBV基因組大小為180Kb左右;含有86個ORF,其中含有一系列0.5Kb的末端重復系列,多個內部重復序列將病毒基因分成長短不等的獨特序列區。EBV分布廣泛,90%以上的成人攜帶,且亞型分為4WT,AG876,B95-8,GD1,GD2,HKNPC1等24種。感染后可誘發鼻咽癌、胃癌和淋巴瘤等惡性腫瘤,是可能致癌的人類腫瘤病毒之一。EBV病毒整合位點通常處于染色體易位的斷裂點附近,或在消色差的溝狀損傷處,即染色體脆性位點。不過由于DNA的高度甲基化和EBV基因組長度很大等因素,研究EBV整合顯得比較困難。
 

HPV

        HPV屬乳多空病毒科,是雙鏈環狀DNA病毒。無包膜,病毒基因組大小為8Kb左右,含有9個開放閱讀框,分為3個功能區:1)早期轉錄區(E區):編碼8個蛋白質(E1-E8);2)晚期轉錄區(L區):編碼2個衣殼蛋白(L1-L2);3)非轉錄區:位于E8和L1之間;人乳頭瘤病毒亞型眾多,高危型包括hpv16、18、35、45、58等多種亞型;低危型包括hpv6、11、42等多種亞型。HPV感染后可誘發宮頸癌、宮頸上皮內瘤變等。HPV病毒整合往往容易發生在脆性位點及其附近。
 
 
HBV

        HBV屬嗜肝DNA病毒科,是部分雙鏈環狀DNA病毒。完整的乙肝病毒呈顆粒狀,分為外殼和核心兩部分。病毒基因組大小為3Kb左右(最小且最難治愈);HBV基因組含有4個ORF(編碼區:S、C、P和X),編碼外膜蛋白、核殼蛋白,聚合酶及X蛋白等7個蛋白。乙型肝炎病毒分為A—H 8種等亞型,感染后可誘發肝癌等。HBV病毒在宿主基因組的基因富集區等特定重要區域(如CpG島)以及一部分基因組重要關鍵位點上,具有顯著的整合偏好性,使得肝細胞具有惡性轉化的潛能。


 

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